在云南立的案，但款项是珠海香洲人民法那边立的。

若两地法院对案件均有管辖权，您可根据以下方案选择：1.考虑便利性，选择距离您更近或处理案件更为高效的法院；2.评估两地法院的专业性，选择对案件类型更为熟悉、审判经验更丰富的法院；3.考虑案件性质，如涉及特定地区政策或法规，可选择更利于案件处理的法院。最终选择应基于案件具体情况和个人需求。
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从法律角度，确保权益得到保障的关键在于：1.明确案件管辖法院，确保诉讼程序合法；2.准备充分的证据材料，支持您的主张；3.了解并遵守两地法院的诉讼规则和程序；4.积极与法院沟通，确保案件得到及时处理；5.如有必要，可聘请当地律师提供法律帮助，确保您的权益在异地诉讼中得到有效维护。
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针对您的问题，若您在云南已立案，但涉及款项问题需在珠海香洲区人民法院处理，通常不需要重新立案。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，案件管辖主要依据被告住所地、合同履行地等因素确定。若案件与珠海香洲区有实际联系，如合同履行地在此，您可通过申请移送管辖或另行向珠海香洲区人民法院提起诉讼（若符合其管辖条件）。但需注意，具体是否需重新立案还需结合案件具体情况及两地法院沟通结果确定。法律依据为《中华人民共和国民事诉讼法》第二十一条、第二十三条等关于管辖的规定。